Legacy and internal PDAF functions

This page gives all available functions in pyPDAF. They are accesible in the submodules. Due to the amount of functions available, this documentation cannot provide detailed explanations for each function.

To use these functions, one has to import the individual module first. For example, if one wants to use PDAF subroutine PDAF_assimilate_3dvar located in pyPDAF.PDAF.assim, one can only use pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_3dvar after import pyPDAF.PDAF.assim. One cannot simply access these functions by import pyPDAF like those functions given in API.

However, the developers encourage the users to create new issues to request information for specific function or functionalities so that the developers can understand the needs from users.

Explanations of certain legacy functions may be found in PDAF wiki page by the corresponding PDAF subroutines. One can find the name of PDAF subroutines by the pyPDAF subpackage name and function names. For example, pyPDAF.PDAF._pdaf_c.deallocate calls PDAF_deallocate in PDAF. The module names are typically irrelevant. This is similar for PDAFomi subroutines, e.g., PDAFomi_check_error is pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.check_error.

One exception is for some 3dvar functions. As numbers cannot be the first letter of variable or function names, an additional _ is added for some PDAF internal functionss.

pyPDAF.PDAF

pyPDAF.PDAF._pdaf_c

- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.correlation_function
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.deallocate
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.eofcovar
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.force_analysis
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.gather_dim_obs_f
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.gather_obs_f
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.gather_obs_f2
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.gather_obs_f2_flex
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.gather_obs_f_flex
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.get_fcst_info
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.init
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.init_forecast
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.local_weight
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.local_weights
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.print_da_types
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.print_filter_types
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.print_info
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.reset_forget
- pyPDAF.PDAF._pdaf_c.sample_ens

pyPDAF.PDAF.assim

- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_3dvar
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_enkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_ensrf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_etkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_lenkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_letkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_lknetf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_lnetf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_lseik
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_netf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_pf
- pyPDAF.PDAF.assim.assim_offline_seik
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_3dvar
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_enkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_ensrf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_etkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_lenkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_lestkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_letkf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_lknetf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_lnetf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_lseik
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_netf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_pf
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_prepost
- pyPDAF.PDAF.assim.assimilate_seik
- pyPDAF.PDAF.assim.generate_obs
- pyPDAF.PDAF.assim.generate_obs_offline
- pyPDAF.PDAF.assim.get_state

pyPDAF.PDAF.callback

- pyPDAF.PDAF.callback.add_obs_error_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.g2l_obs_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obs_f_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obs_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obscovar_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obserr_f_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obsvar_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obsvar_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.init_obsvars_f_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.likelihood_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.likelihood_hyb_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.likelihood_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.localize_covar_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.localize_covar_serial_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.omit_by_inno_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.omit_by_inno_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.prodrinva_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.prodrinva_hyb_l_cb
- pyPDAF.PDAF.callback.prodrinva_l_cb

pyPDAF.PDAF.diag

- pyPDAF.PDAF.diag.diag_compute_moments
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_crps_mpi
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_crps_nompi
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_effsample
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_ensmean
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_ensstats
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_histogram
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_reliability_budget
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_rmsd
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_rmsd_nompi
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_stddev
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_stddev_nompi
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_variance
- pyPDAF.PDAF.diag.diag_variance_nompi

pyPDAF.PDAF.get

- pyPDAF.PDAF.get.get_assim_flag
- pyPDAF.PDAF.get.get_local_type
- pyPDAF.PDAF.get.get_localfilter
- pyPDAF.PDAF.get.get_memberid
- pyPDAF.PDAF.get.get_obsmemberid
- pyPDAF.PDAF.get.get_smoother_ens

pyPDAF.PDAF.iau_internal

- pyPDAF.PDAF.iau_internal.iau_add_inc_ens
- pyPDAF.PDAF.iau_internal.iau_dealloc
- pyPDAF.PDAF.iau_internal.iau_init_weights
- pyPDAF.PDAF.iau_internal.iau_update_ens
- pyPDAF.PDAF.iau_internal.iau_update_inc

pyPDAF.PDAF.iau

- pyPDAF.PDAF.iau.iau_add_inc
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_init
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_init_inc
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_reset
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_set_ens_pointer
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_set_pointer
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_set_state_pointer
- pyPDAF.PDAF.iau.iau_set_weights

pyPDAF.PDAF.internal

- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_analysis_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_config
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_costf_cg_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_costf_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_init
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_optim_cg
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_optim_cgplus
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_optim_lbfgs
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_options
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal._3dvar_update
- pyPDAF.PDAF.internal.add_particle_noise
- pyPDAF.PDAF.internal.alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.alloc_bias
- pyPDAF.PDAF.internal.alloc_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.alloc_sens
- pyPDAF.PDAF.internal.allreduce
- pyPDAF.PDAF.internal.configinfo_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_analysis_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_costf_cg_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_costf_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_optim_cg
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_optim_cgplus
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_optim_lbfgs
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_update_estkf
- pyPDAF.PDAF.internal.en3dvar_update_lestkf
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_ana_rlm
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_ana_rsm
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_gather_resid
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_obs_ensemble
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.enkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.ens_omega
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_ana_2step
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.ensrf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_ana_fixed
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_aomega
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_omegaa
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.estkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_ana_fixed
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_ana_t
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.etkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.fcst_operations
- pyPDAF.PDAF.internal.gather_ens
- pyPDAF.PDAF.internal.gen_obs
- pyPDAF.PDAF.internal.generate_rndmat
- pyPDAF.PDAF.internal.genobs_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.genobs_config
- pyPDAF.PDAF.internal.genobs_init
- pyPDAF.PDAF.internal.genobs_options
- pyPDAF.PDAF.internal.genobs_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.get_ensstats
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_analysis_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_costf_cg_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_costf_cvt
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_optim_cg
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_optim_cgplus
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_optim_lbfgs
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_update_estkf
- pyPDAF.PDAF.internal.hyb3dvar_update_lestkf
- pyPDAF.PDAF.internal.incr_local_obsstats
- pyPDAF.PDAF.internal.inflate_ens
- pyPDAF.PDAF.internal.inflate_weights
- pyPDAF.PDAF.internal.init_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.init_local_obsstats
- pyPDAF.PDAF.internal.init_parallel
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_ana_rsm
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lenkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_ana_fixed
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lestkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_ana_fixed
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_ana_t
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.letkf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_alpha_neff
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_ana_letkft
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_ana_lnetf
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_analysis_t
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_compute_gamma
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_reset_gamma
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_set_gamma
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_update_step
- pyPDAF.PDAF.internal.lknetf_update_sync
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_smoothert
- pyPDAF.PDAF.internal.lnetf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_ana_trans
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_config
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_init
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_options
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_resample
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.lseik_update
- pyPDAF.PDAF.internal.memcount
- pyPDAF.PDAF.internal.memcount_define
- pyPDAF.PDAF.internal.memcount_ini
- pyPDAF.PDAF.internal.mpi_init
- pyPDAF.PDAF.internal.mvnormalize
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_smoothert
- pyPDAF.PDAF.internal.netf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.obs_dealloc
- pyPDAF.PDAF.internal.obs_dealloc_local
- pyPDAF.PDAF.internal.obs_init
- pyPDAF.PDAF.internal.obs_init_local
- pyPDAF.PDAF.internal.obs_init_obsvars
- pyPDAF.PDAF.internal.options_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_config
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_init
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_options
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_resampling
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.pf_update
- pyPDAF.PDAF.internal.prepost
- pyPDAF.PDAF.internal.print_domain_stats
- pyPDAF.PDAF.internal.print_info_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.print_local_obsstats
- pyPDAF.PDAF.internal.print_version
- pyPDAF.PDAF.internal.reset_dim_ens
- pyPDAF.PDAF.internal.reset_dim_p
- pyPDAF.PDAF.internal.scatter_ens
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_alloc
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_ana
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_ana_newt
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_ana_trans
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_config
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_init
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_matrixt
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_memtime
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_omega
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_options
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_resample
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_resample_newt
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_set_iparam
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_set_rparam
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_ttimesa
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_uinv
- pyPDAF.PDAF.internal.seik_update
- pyPDAF.PDAF.internal.set_forget
- pyPDAF.PDAF.internal.set_forget_local
- pyPDAF.PDAF.internal.set_iparam_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.set_rparam_filters
- pyPDAF.PDAF.internal.sisort
- pyPDAF.PDAF.internal.smoother_enkf
- pyPDAF.PDAF.internal.smoother_lnetf
- pyPDAF.PDAF.internal.smoother_netf
- pyPDAF.PDAF.internal.smoother_shift
- pyPDAF.PDAF.internal.smoothing
- pyPDAF.PDAF.internal.smoothing_local
- pyPDAF.PDAF.internal.subtract_colmean
- pyPDAF.PDAF.internal.subtract_rowmean
- pyPDAF.PDAF.internal.timeit

pyPDAF.PDAF.put

- pyPDAF.PDAF.put.put_state_3dvar
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_enkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_ensrf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_estkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_etkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_generate_obs
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_lenkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_lestkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_letkf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_lknetf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_lnetf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_lseik
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_netf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_pf
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_prepost
- pyPDAF.PDAF.put.put_state_seik

pyPDAF.PDAF.setter

- pyPDAF.PDAF.setter.set_comm_pdaf
- pyPDAF.PDAF.setter.set_debug_flag
- pyPDAF.PDAF.setter.set_ens_pointer
- pyPDAF.PDAF.setter.set_iparam
- pyPDAF.PDAF.setter.set_memberid
- pyPDAF.PDAF.setter.set_offline_mode
- pyPDAF.PDAF.setter.set_rparam
- pyPDAF.PDAF.setter.set_seedset
- pyPDAF.PDAF.setter.set_smoother_ens

pyPDAF.PDAF3

pyPDAF.PDAF3._pdaf3_c

- pyPDAF.PDAF3._pdaf3_c.init
- pyPDAF.PDAF3._pdaf3_c.init_forecast
- pyPDAF.PDAF3._pdaf3_c.set_parallel

pyPDAF.PDAF3.assim

- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_3dvar_all
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_3dvar_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_en3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_en3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_en3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_enkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_ensrf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_global
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_global_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_hyb3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_hyb3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_hyb3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_lenkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_lenkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_lknetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_lnetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_local
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_local_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assim_offline_nonlin_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_3dvar_all
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_3dvar_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_en3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_en3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_en3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_enkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_ensrf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_global
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_global_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_hyb3dvar
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_hyb3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_lenkf
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_lenkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_lknetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_lnetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_local
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_local_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.assimilate_nonlin_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.assim.generate_obs
- pyPDAF.PDAF3.assim.generate_obs_offline

pyPDAF.PDAF3.put

- pyPDAF.PDAF3.put.put_state
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_3dvar
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_3dvar_all
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_3dvar_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_en3dvar
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_en3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_en3dvar_lestkf
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- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_ensrf
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_generate_obs
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_global
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_global_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_hyb3dvar
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_hyb3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_hyb3dvar_lestkf
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- pyPDAF.PDAF3.put.put_state_nonlin_nondiagr

pyPDAF.PDAFlocal

pyPDAF.PDAFlocal._pdaflocal_c

- pyPDAF.PDAFlocal._pdaflocal_c.clear_increment_weights
- pyPDAF.PDAFlocal._pdaflocal_c.set_increment_weights
- pyPDAF.PDAFlocal._pdaflocal_c.set_indices

pyPDAF.PDAFlocal.assim

- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_letkf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_lknetf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_lnetf
- pyPDAF.PDAFlocal.assim.assimilate_lseik

pyPDAF.PDAFlocal.internal

- pyPDAF.PDAFlocal.internal.g2l_cb
- pyPDAF.PDAFlocal.internal.l2g_cb

pyPDAF.PDAFlocal.put

- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_letkf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_lknetf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_lnetf
- pyPDAF.PDAFlocal.put.put_state_lseik

pyPDAF.PDAFlocalomi

pyPDAF.PDAFlocalomi.assim

- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate
- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_en3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf_nondiagr
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- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_lnetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFlocalomi.assim.assimilate_nondiagr

pyPDAF.PDAFlocalomi.put

- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state
- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_en3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_hyb3dvar_lestkf_nondiagr
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- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_lnetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFlocalomi.put.put_state_nondiagr

pyPDAF.PDAFomi

pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c

- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.check_error
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.gather_obs
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.gather_obsstate
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.get_domain_limits_unstr
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.get_interp_coeff_lin
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.get_interp_coeff_lin1d
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.get_interp_coeff_tri
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.init
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.init_dim_obs_l_iso
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.init_dim_obs_l_noniso
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.init_dim_obs_l_noniso_locweights
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.init_local
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_adj_gridavg
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_adj_gridpoint
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_adj_interp_lin
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_extern
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_gridavg
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_gridpoint
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.obs_op_interp_lin
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.observation_localization_weights
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_debug_flag
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_dim_obs_l
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_domain_limits
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_localization
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_localization_noniso
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_localize_covar_iso
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_localize_covar_noniso
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_localize_covar_noniso_locweights
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.set_obs_diag
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.store_obs_l_index
- pyPDAF.PDAFomi._pdafomi_c.store_obs_l_index_vdist

pyPDAF.PDAFomi.assim

- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_3dvar
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_3dvar_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_en3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_en3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_en3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_en3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_enkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_ensrf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_global
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_global_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_hyb3dvar_estkf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_hyb3dvar_estkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_hyb3dvar_lestkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_lenkf
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_lenkf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_lknetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_lnetf_nondiagr
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_local
- pyPDAF.PDAFomi.assim.assimilate_local_nondiagr
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- pyPDAF.PDAFomi.assim.generate_obs

pyPDAF.PDAFomi.diag

- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_dimobs
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_get_hx
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_get_hxmean
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_get_ivar
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_get_obs
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_nobstypes
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_obs_rmsd
- pyPDAF.PDAFomi.diag.diag_stats

pyPDAF.PDAFomi.internal

- pyPDAF.PDAFomi.internal.add_obs_error
- pyPDAF.PDAFomi.internal.check_dist2
- pyPDAF.PDAFomi.internal.check_dist2_loop
- pyPDAF.PDAFomi.internal.check_dist2_noniso
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- pyPDAF.PDAFomi.internal.cnt_dim_obs_l
- pyPDAF.PDAFomi.internal.cnt_dim_obs_l_noniso
- pyPDAF.PDAFomi.internal.comp_dist2
- pyPDAF.PDAFomi.internal.dealloc
- pyPDAF.PDAFomi.internal.diag_omit_by_inno
- pyPDAF.PDAFomi.internal.g2l_obs
- pyPDAF.PDAFomi.internal.g2l_obs_internal
- pyPDAF.PDAFomi.internal.gather_dim_obs_f
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- pyPDAF.PDAFomi.internal.gather_obsdims
- pyPDAF.PDAFomi.internal.get_local_ids_obs_f
- pyPDAF.PDAFomi.internal.init_obs_f
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- pyPDAF.PDAFomi.internal.likelihood
- pyPDAF.PDAFomi.internal.likelihood_hyb_l
- pyPDAF.PDAFomi.internal.likelihood_l
- pyPDAF.PDAFomi.internal.limit_obs_f
- pyPDAF.PDAFomi.internal.local_weight
- pyPDAF.PDAFomi.internal.obs_op_adj_gatheronly
- pyPDAF.PDAFomi.internal.obs_op_gatheronly
- pyPDAF.PDAFomi.internal.obsstats
- pyPDAF.PDAFomi.internal.obsstats_l
- pyPDAF.PDAFomi.internal.ocoord_all
- pyPDAF.PDAFomi.internal.omit_by_inno
- pyPDAF.PDAFomi.internal.omit_by_inno_l
- pyPDAF.PDAFomi.internal.prodrinva
- pyPDAF.PDAFomi.internal.prodrinva_hyb_l
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- pyPDAF.PDAFomi.internal.weights_l
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pyPDAF.PDAFomi.legacy

- pyPDAF.PDAFomi.legacy.deallocate_obs
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pyPDAF.PDAFomi.assim

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pyPDAF.PDAFomi.put

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pyPDAF.PDAFomi.setter

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- pyPDAF.PDAFomi.setter.set_inno_omit
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- pyPDAF.PDAFomi.setter.set_obs_err_type
- pyPDAF.PDAFomi.setter.set_use_global_obs